ศัตรูที่สำคัญของทุเรียนในระยะต้นเล็ก ซึ่งมีการเจริญเติบโตทางกิ่งก้านสาขา โรคทุเรียน ได้แก่ โรครากเน่าโคนเน่า โรคราใบติด โรคราสีชมพู เพลี้ยไก้แจ้ และปัญหาสำคัญ คือ วัชพืช ควรใช้หลายๆ วิธีประกอบกัน ทั้ง การใช้แรงงานถอน ถาก ตัดด้วยเครื่องมือ หรือใช้สารเคมี เพื่อป้องกัน โดยต้องระมัดระวัง อย่าให้ระบบรากกระทบกระเทือนและระวังไม่ให้ละอองสารเคมีกำจัดวัชพืชสัมผัสกับต้นทุเรียน (กรมวิชาการเกษตร) โรคทุเรียน